Es claro que Sporting Cristal tiene una de las mejores canteras del fútbol peruano, y en esa línea, para el año 2014 Daniel Ahmed (DT rimense en aquel año) decidió promover al primer equipo al joven defensa Brian Bernaola, quien venía destacando en el equipo de reserva del cuadro celeste. En esa temporada, los del Rímac conseguirían el titulo nacional.
Sin embargo, pese a las buenas intenciones del jugador, este no sería tomando muy en cuenta durante su primer año y sería recién en 2015 que el Turco Ahmed contaría con él en partidos de la Liga 1.
La primera vez que apareció en la banca de suplentes fue el 31 de mayo de ante Los Caimanes. Esa temporada, Cristal salió campeón. A mediados del 2015, Bernaola fue cedido a Deportivo Municipal y debutó un 30 de mayo contra la Universidad César Vallejo en Primera División.
Tras su paso en la Academia donde jugó 13 partidos (12 de titular), Bernaola volvió a Cristal y disputó 11 partidos (10 de titular) con Mariano Soso para conquistar el título nacional del 2016. Sin embargo, no logró consolidarse en el cuadro de La Florida y fue cedido a Sport Rosario.
Tras terminar su contrato con la institución celeste, el futbolista de 27 años pasó por Carlos A. Mannucci y Deportivo Coopsol. En la campaña 2020, Atlético Grau lo oficializó como refuerzo, pero jugó pocos partidos y descendió. Al siguiente año, Alianza Universidad se hizo de sus servicios y también perdió la categoría. Actualmente, es figura de Unión Huaral de la Liga 2 y ha disputado 4 partidos.
Según el portal Transfermarket, Brian Bernaola tiene un valor de 150 mil euros en el mercado de pases. Su precio más alto fue 225 mil euros en 2015 cuando militaba en Sporting Cristal.
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