En la década de los noventa salió tricampeón con Universitario y fue uno de los mejores defensas centrales de la selección peruana. Hoy el destino lo regresó al club que lo lanzó a la fama en una nueva faceta: Entrenador de la reserva crema.
Juan Pajuelo dirigirá el equipo de las divisiones formativas del cuadro estudiantil tras su experiencia en Comerciantes Unidos, Real Garcilaso (asistente) y Atlético Torino de Talara. En el año 2015, integró el comando técnico del primer equipo merengue junto a Óscar Ibáñez.
El gran objetivo del nuevo comando técnico es lograr el título del Torneo de Promoción y Reservas y nutrir al plantel profesional con jugadores de nivel.
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Asimismo, deberá supervisar el trabajo de las categorías menores que juegan en Copa Federación y Torneo Centenario para promover a los mejores.
Pajuelo entra en lugar de Javier Chirinos, quien trabaja en la institución crema desde el año 2001. El club todavía no ha informado sobre el futuro del ex técnico reservista.