Uno de los clubes animadores del Torneo Descentralizado a mediados de los 80 y principios de la década del 90 fue el Deportivo San Agustín, un equipo que figura como campeón nacional tras vencer en una recordada final a Alianza Lima.
Esta institución fue fundada en 1970 con la denominación de Club San Francisco, en el barrio de San Eugenio en Lince. Solo dos años más tarde fue renombrado y pasaría a llamarse Huracán San Isidrio y se mudaría al distrito vecino.
Es recién en 1984 cuando recibe su nombre definitivo: Deportivo San Agustín, esto porque recibió el patrocinio del colegio privado del mismo nombre, bajo la tutela del padre Cesáreo Fernández de las Cuevas.
En 1983 fue invitado a disputar la Segunda División y 1984 consiguió el ascenso a la máxima categoría tras beneficiarse de un error administrativo del Deportivo AELU.
Sería en 1986 cuando llegaría a la cúspide. Con una plantilla donde destacaban nombres como Héctor Martín Yupanqui, Jaime Duarte, José 'Chemo' Del Solar, Roberto Martínez, entre otros, consiguieron vencer por la mínima diferencia a Alianza Lima gracias a un gol de José 'Burrito' Ziani ante un Estadio Nacional que esa noche quedó enmudecido. El técnico de esa gesta fue Fernando Cuéllar
Y los 'Canarios' no derrotaron a cualquier versión del cuadro blanquiazul. En aquel entonces ya brillaban con luz propia 'Los Potrillos', una brillante generación que perdería la vida trágicamente tras el accidente en el Fokker el 8 de diciembre 1987.
Lamentablemente, el padre Fernández fue trasladado a Centroamérica y el colegio San Agustín dejó de apoyar al club a finales de los 80. A comienzos de los 90 se acostumbró a pelear al descenso y la decisión que confirmó su hundimiento fue trasladarse en 1996 a Trujillo, ciudad que desde 1994 no tenía fútbol profesional tras el descenso del Carlos A. Mannucci, sin embargo, en el norte jamás hubo apoyo y tras malos resultados, perderían la categoría.
En 1997, los 'Canarios' también descenderían en Segunda División y para 1998 se inscribieron en la Liga de San Juan de Lurigancho, donde tampoco cumplieron una buena campaña y desaparecieron durante varios años.
En 2011 se inscribió en la Liga de Lince como la denominación Asociación Deportiva San Agustín. Ha sido campeón de este torneo en 2011, 2015 y 2016, lo que le permitió clasificar al Interligas, sin embargo, nunca pudo superar esa instancia y el sueño de volver a Primera División se vio truncado.
Años más tarde, San Agustín decidió no participar de la Liga de Lince porque los partidos se iban a disputar fuera la jurisdicción de dicho distrito. El club se dedicó a jugar campeonatos de fútbol 7 y no ha competido de forma oficial.
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