Carlos "Kukín" Flores debutó con el Sport Boys a los 17 años jugando, un 4 de septiembre de 1991 en el triunfo 3-0 sobre Deportivo AELU. El equipo rosado llegó a la Copa Libertadores en 1992 tras quedarse con el subcampeonato del año anterior. En aquella edición "La Misilera" estuvo en el grupo 4 donde también lo conformaban Atlético Nacional, América de Cali y Sporting Cristal.
Aunque los chalacos, no clasificaron a la siguiente fase, directivos del Atlético Nacional y del Ameríca de Cali, por la gran actuación de Flores en los partidos de grupo se interesaron por él. Así lo comentó en el programa El Valor de Verdad emitido en 2014.
"Luego del partido con el Atlético Nacional, el jefe de la delegación del Boys me comentó que la gente del Atlético Nacional ha venido a preguntar por ti, a su presidente le ha gustado tu juego, quieren comprar tu pase, y quiere que juegues por el Medellín. El presidente era Pablo Escobar (...). Al final no me quisieron vender, me quedé en el Callao".
PUEDE VER: Julio Meléndez tras el fallecimiento de Carlos 'Kukín' Flores: "Se fue mi sobrino de toda la vida"
El '10' del Boys continúo su carrera en el primer puerto para luego firmar por Universitario de Deportes en 1995, después por San Agustín (1996) y meses más tarde tuvo su primera experiencia en el extranjero, en Arabia Saudita, con el Al-Hilal.
Flores defendió la camiseta de la Selección Peruana, donde jugó partidos amistosos y clasificatorios. Además, integró las selecciones Sub 17, Sub 20 y Sub 23. En Europa, vistió la divisa del Aris Salónica (Grecia) en la temporada 1996-97.