Néstor Duarte fue uno de los jugadores más representativos de los denominados 'Jotitas', ya que su buena anticipación, marca y liderazgo lo convirtieron en el capitán de aquella Selección Peruana Sub-17, haciéndolo como uno de los que más proyección tenía de nuestro fútbol peruano.
Ese buen ritmo y despliegue lo empezó a plasmar poco a poco con Universitario de Deportes, escuadra con la que se consolidó por varios años e incluso pudo conseguir el campeonato nacional en el año 2013.
A pesar de ello, el zaguero nacional salió del equipo crema en el 2015, su presencia en el balompié nacional empezó a perder protagonismo, y más aún porque su nivel empezó a decaer con el pasar de los partidos.
Por ello, cada año que pasaba empezó a defender diversas camisetas de clubes provincianos como por ejemplo la de Real Garcilaso (Hoy Cusco FC), Ayacucho FC, UTC de Cajamarca, Sport Huancayo y Academia Cantolao.
Sin embargo, la actualidad de Néstor Duarte está alejada de la Primera División, ya que desde el 2020 viene defendiendo la camiseta de Piratas FC en la Liga 2, escuadra con la que está buscando ascender a la Liga 1 del fútbol peruano.