A falta de la oficialización, Carlos Compagnucci será nombrado como nuevo entrenador de Universitario de Deportes, un club al que ya dirigió durante una corta etapa, pero dejando números para resaltar.
El argentino dirigió el Torneo Clausura 2005, llegando para reemplazar a su compatriota José Basualdo, quien había estado cerca de conquistar el Apertura, pero en el segundo torneo del año no destacaba, además bajo su mando, la 'U' había sido eliminado de la Copa Sudamericana ante Alianza Atlético por penales.
Compagnucci dirigió en total 14 partidos, registrando ocho victorias, cuatro empates y apenas dos derrotas. El 67% de los números le permitieron al elenco 'crema' acceder a la Copa Libertadores del siguiente año.
Dentro de esos triunfos conseguidos por el estratega 'gaucho', destaca un inolvidable clásico ante Alianza Lima por 2-1 en el Estadio Nacional, con goles de Piero Alva y Mauricio Mendoza; Wilmer Aguirre había anotado el empate transitorio.
Pese a su buena campaña, al final de la temporada 2005, Carlos Compagnucci decidió no seguir en Perú aduciendo problemas personales y familiares. Ahora vuelve tras 17 largos años con el objetivo de obtener la estrella 27 para los 'cremas'.
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