Martín Ligüera siempre será recordado por todos los hinchas de Alianza Lima ya que levantó la copa en el último campenato del torneo peruano que consiguieon los íntimos en el 2006 de la mano de Gerardo Pelusso como entrenador.
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El volante uruguayo marcó siempre una diferencia en el cuadro íntimo. Luego de ello al año siguiente dejó el equipo sin pena ni gloria. Actualmente juega en el Centro Atlético Fénix de la primera división del fútbol uruguayo.
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Lo más curioso es que luego de 10 años al igual que los aliancistas no pudo nunca más campeonar vistiendo las diferentes camisetas que defendió. El 2010 fue transferido a Union Española de Chile, donde estuvo 2 años. En 2012 parte de Unión para ir al Clube Atlético Paranaense. Y en su llegada al club, en sus primeros tres partidos, convirtió 3 goles, haciendo un aporte fundamental en goles y en asistencias.
En 2013 pasó a Joinville a jugar el campeonato brasileño de segunda división. Por temas personales solicitó la rescisión sin obtener ganar campeonato alguno.
EL DATOFue integrante de la selección uruguaya mayor durante los años 2002 y 2005. A nivel de menores, participó en el Sudamericano Sub-20 de 1999 y en el Mundial Nigeria Sub-20.