El fútbol peruano en pleno 2021 sufrió cambios durante el torneo que afecto tanto la Liga 1 como la Liga 2, razones de un irregular manejo terminó perjudicando deportivamente a Carlos Stein. Luego de disputar una fecha de la Fase 1 de la Liga 1 no volvió a jugar más tras la decisión del TAS.
Pese a ello el club de Lambayeque disputó la Liga 2 durante todo el 2021 y tuvo que replantear todo el plantel e incluso técnico. En el año jugó el torneo de ascenso un total de 26 partidos.
Carlos Stein durante todo el 2021 ha sumado: 12 victorias,7 empates y 6 derrotas. Números que le valen al equipo norteño a estar a un solo encuentro del ansiado ascenso pues le tocará disputar un partido ante el puesto 16 de la Liga 1 que está a dos fechas de culminar.
Luego de haber jugado la fase regular de la Liga 2, Carlos Stein tuvo que jugar la fase final del torneo ante Deportivo Llacuabamba ganando 2-1, luego ganándole a Unión Comercio a clasificación luego de vencerlo 7-6 en penales tras empatar 0-0. Ya en una final venció a Sport Chavelines 2-1.
Entre sus figuras del plantel aparecen nombres de experiencia y juventud como: Víctor Salas, Josimar Atoche, Mario Ramírez, Brandon Palacios, José Cotrina. Todos al manddo de Jaír Butrón que se sumó durante el torneo.
Jaír Butrón, DT de Carlos Stein
Aquí los partidos del club Carlos Stein en la segunda división:
| Partido | Resultado |
| Carlos Stein - Llacuabamba | 3-2 |
| Chankas CYC - Carlos Stein | 1-1 |
| Unión Comercio - Carlos Stein | 0-0 |
| Carlos Stein - Unión Huaral | 1-2 |
| Carlos Stein 0-1 Ayacucho FC | 0-1 |
| Chavelines Juniors - Carlos Stein | 3-4 |
| Carlos Stein - Deportivo Coopsol | 1-1 |
| Juan Aurich - Carlos Stein | 1-1 |
| Carlos Stein - El Pirata | 1-1 |
| Comerciantes Unidos - Carlos Stein | 0-1 |
| Carlos Stein - Atlético Grau | 1-2 |
| Santos - Carlos Stein | 1-1 |
| Llacuabamba - Carlos Stein | 2-1 |
| Carlos Stein - Chankas CYC | 1-0 |
| Carlos Stein - Unión Comercio | 0-0 |
| Unión Huaral - Carlos Stein | 0-1 |
| Carlos Stein - Chavelines Juniors | 1-2 |
| Deportivo Coopsol - Carlos Stein | 1-4 |
| Carlos Stein - Juan Aurich | 0-2 |
| El Pirata - Carlos Stein | 0-2 |
| Carlos Stein - Comerciantes Unidos | 3-2 |
| Atlético Grau - Carlos Stein | 2-0 |
| Carlos Stein - Santos | 3-0 |
| Carlos Stein - Llacuabamba | 2-1 |
| Unión Comercio - Carlos Stein | 0-0 (6-7) |
| Chavelines Juniors - Carlos Stein | 1-2 |
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