El caso más resonante de su carrera. En junio del 2008, en eliminatorias para Sudáfrica 2010, Paolo Guerrero dejó a Perú con 10 hombres por sus constantes y airados reclamos al árbitro chileno Pablo Pozo. La tarjeta roja se transformó después en 6 fechas sin poder defender a la blanquirroja, regresando casi después de un año. La magnitud del caso no volvió a repetirse.
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En abril del 2010, Paolo Guerrero tuvo un incidente con un hincha, cuando le lanzó una botella desde el campo a la tribuna. Casi dos años después, el ‘Depredador’ volvió a ser un mal protagonista: planchó al portero del Stuttgart, Sven Ulreich (3 marzo), y fue expulsado de inmediato. Luego de 8 fechas, estaba de vuelta, disputando sus últimos dos partidos de Bundesliga antes de irse a Brasil.
Corinthians se convirtió en el primer equipo de Paolo Guerrero en Brasil, donde fue expulsado en dos ocasiones, pero a ellas se suman una suspensión de oficio de oficio.
24 de agosto 2014: En la fecha 17 del Brasileirao, el goleador peruano recibió la tarjeta roja en el final, por cometer una falta en campo rival y encarar a Villamayor. Fue derrota 2-1 ante Gremio, encuentro en el que había anotado. Tras dos jornadas, volvió.
En la Copa do Brasil, el empujón al juez Leandro Bizzio fue sancionado de oficio por tres fechas en el Brasileirao. Inicialmente, el STJD quería 6 meses, pero la investigación no fue determinante.
A nivel internacional, Paolo Guerrero también ha sido protagonista de actos negativos. En febrero del 2015, Corinthians goleó 4-0 a Once Caldas en la fase previa de la Copa Libertadores. Una jugada dividida fue perdida por el delantero, pero tuvo una mala reacción al golpear a su rival con el codo (27’). La expulsión lo dejó tres fechas fuera del certamen, volviendo para la etapa de grupos.
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Otra vez ante Gremio, pero ahora con la camiseta del mengao. Paolo Guerrero se fue a las duchas a los 59 minutos, pero solo quedó una fecha fuera de las canchas. Fue la única suspensión con Flamengo, que ocurrió en el primero de los casi cuatro años en los que ahí permaneció.
Paolo Guerrero, capitán y goleador de la Selección Peruana, dio positivo a un examen de doping en octubre del 2017. Investigaciones de la FIFA y el TAS determinaron la sanción de 14 meses, que se cortó provisionalmente Tribunal Federal de Suiza para que pueda disputar el mundial Rusia 2018. En abril del presente año, el ‘Depredador’ volvió a las canchas, ahora con el Internacional.