En el año 2011 debutó con Alianza Lima y su futuro pintaba muy enriquecedor. Sin embargo, su carrera futbolística poco a poco se fue mermando, ya que empezó a perder protagonismo en las siguientes temporadsa. A pesar de ello, el club Alfonso Ugarte ha apostado por él para pelear el ascenso en la Liga 2.
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"El Club Deportivo Alfonso Ugarte de Puno, tiene el agrado de dar la bienvenida al jugador José Canova Hernández, defensa central que formó parte de equipos nacionales como: Alianza Lima, Universidad de San Martín, Universidad César Vallejo, Sport Rosario y Real Garcilaso. Le deseamos los mejores éxitos con el equipo de la franja cruzada", indica parte del comunicado del club vía la red social de Facebook.
José Canova disputó un total de 22 partidos en la temporada 2021 con Alianza Universidad de Huánuco. Tuvo una media de 89 minutos por duelo e integró 1 vez el equipo de la semana. Pese a sus buenos números con el equipo azul y rojo, no pudo evitar el descenso a segunda división del fútbol profesional. Ahora, la historia pinta distinto para el zaguero que tratará de hallar la gloria. Esta vez con una camiseta distinta.
El defensor hizo su estreno en el fútbol profesional con camiseta de Alianza Lima a fines del 2011. En dicha temporada se adjudicó el Torneo de Reservas con el equipo juvenil y en el 2014 levantó la Copa del Inca. Un año después firmó por la San Martín y en el 2016 migró a la Universidad César Vallejo. Estuvo en el 2017 y 2018 en Sport Rosario y en el 2019 estampó su firma por Real Garcilaso. A inicios del 2020 fichó por Alianza Universidad de Huánuco, equipo con el que descendió en el 2021.
Canova también tuvo su momento en la Selección Peruana. El zaguero fue convocado por Sergio Markarián en un duelo amistoso ante Costa Rica en el año 2012. Luego de dicha experiencia, nunca más fue citado a la Videna.