A mediados de 2018 Alianza Lima carecía de la presencia de un goleador en el equipo, por lo que Pablo Bengoechea, DT del club en aquel entonces, solicitó a la dirigencia blanquiazul la llegada de Mauricio Affonso, de quien tenía referencias por su paso en Peñarol de Uruguay.
El delantero llegó sin mucho brillo a Matute, pero no tardaría en estrenarse con gol y marcaría su primer tanto en apenas su segundo encuentro con la camiseta íntima; lo hizo en un duelo frente a la San Martín donde Alianza venció por 3-1 en agosto de 2018.
El futbolista natal de Uruguay conseguiría el subcampeonato nacional de la Liga 1 en 2018 y marcaría con la camiseta aliancista un total de 19 goles en 40 partidos, además repartiría 5 asistencias.
El buen nivel que presentó el jugador de Matute levantó la atención del Mamelodi Sundowns de Sudáfrica, quienes le ofrecieron un contrato irrechazable al delantero quien partió rumbo al continente africano poco después de iniciarse la temporada 2019 en Perú, dejando un vacío en la hinchada aliancista que tuvo que esperar más de un año y medio para volver a tener a otro killer hasta la llegada del argentino Hernán Barcos en 2021.
El jugador no la pasó bien en Sudáfrica, las lesiones lo abordaron y no logró acomodarse a la competencia de ese país y con un saldo de seis goles en dos años, Affonso regresó a Uruguay a fines de 2021 para fichar por River Plate de su país, donde tiene contrato hasta el 31 de diciembre de 2022 y donde tampoco la viene pasando bien, puesto que no es tomando en cuenta por su entrenador.
A inicios de 2019 cuando el delantero atravesaba un buen momento con Alianza Lima, su pase internacional se cotizó en 825 mil euros, la cifra más alta de su carrera. Sin embargo, en la actualidad debido a su mal presente, el jugador de 30 años está tasado en apenas 500 mil euros.
