Para la temporada 2017, Alianza Lima apostaba todo en Pablo Bengoechea al cederle la dirección técnica del equipo, cuyo trabajo principal sería volver al club a lo más alto del fútbol peruano, lugar que 'Los Íntimos' no habían ocupado en once años.
Y así se dio, el estratega dirigió a los blanquiazules a ganar el Torneo Apertura y Clausura, y con ello, lograron coronarse como los campeones nacionales a fin de año, y más adelante, conseguiría en 2018 y 2019 dos subcampeonatos de la Liga 1. Logrando así que los de Matute sean protagonistas del torneo por tres años consecutivos.
Para el curso 2020, los resultados no acompañarían a Bengoechea en el torneo local y en los siete partidos que dirigió, perdió en cuatro ocasiones, empató en uno y ganaría solo dos veces, resultados que pusieron en jaque la situación del profe en Alianza. Por lo que finalmente renunciaría el 9 de marzo de ese año tras perder frente a Universitario en el Monumental.
Luego de poner fin a su etapa en La Victoria, Bengoechea volvió al club de sus amores, Peñarol de Uruguay, el 23 de diciembre de 2020, pero esta vez en el puesto de Director Deportivo.
Con Pablo en la supervisión deportiva, los 'Carboneros' lograron conquistar el título nacional de la liga uruguaya de 2021, así como la Supercopa de Uruguay en 2022.
El uruguayo ha tenido una carrera corta como DT, puesto que Peñarol y Alianza Lima, han sido los únicos clubes que ha dirigido desde el banquillo. Mientras que Perú en 2014, ha sido también su única experiencia al mando de un país.