Juan Manuel Vargas realizó grandes actuaciones con la camiseta de la Selección Peruana y se ganó el corazón de los hinchas. El 'Loco' inició su carrera deportiva en Universitario de Deportes, club en el que brilló a nivel nacional y que le permitió dar el salto al fútbol internacional.
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Luego de haber tenido grandes temporadas con la 'U', incluyendo un título del Torneo Apertura, tres años más tarde fue oficializado como nuevo jugador del Club Atlético Colón de Argentina. Gracias a sus golazos y destacadas actuaciones, años más tarde, Catania de Italia lo fichó por casi cuatro millones de dólares.
Su nivel siempre se encaminaba para arriba. Es por esa razón que, después de pertenecer dos temporadas en el conjunto catanesi, Vargas fue llevado a la Fiorentina a cambio de 12 millones de dólares. Con la 'Fiore', el zurdo logró tener momentos inolvidables e incluso logró ser figura en el equipo que llegó hasta octavos de final de la Champions League en el 2010.
Aquel año, el lateral izquierdo se puso al equipo al hombro y, pese a haberle marcado al Bayern Múnich, el resultado fue 4-4 y terminaron siendo eliminados por los goles de visita que habían marcado los alemanes. De todos modos, su imagen quedará en el recuerdo de los italianos, ya que Juan luchó hasta el último minuto del compromiso para eliminar a un grande como el equipo alemán.
Después de su época dorada, el defensa fue cedido a préstamo al Genova y, posteriormente al Real Betis de España. En LaLiga, el 'Loco' nunca pudo encontrar regularidad y hasta fue criticado por su sobrepeso. Cerró su etapa con los Béticos y dio una enorme sorpresa tras fichar por Universitario, institución que lo formó y vio crecer.
Si bien llegó al cuadro merengue para ser uno de los referentes del equipo y lograr cosas importantes, esto no pudo resultar y el también extremo por izquierda terminó poniéndole fin a su carrera sin haber tenido una despedida oficial. Eso sí, en cuanto a la Selección Peruana, Juan Manuel formó parte del famoso 'cuatro fantásticos' que la integraba junto a Farfán, Guerrero y Pizarro.
Luego de haberle puesto fin a su carrera, hubo un silencio muy amplio con relación al futuro de Juan Vargas. Sin embargo, hace unos meses se pudo conocer que seguirá ligado al fútbol, pero ahora se dedicará a la Gestión Deportiva. Incluso, el 'Loco' se inscribió hace no mucho tiempo en Johan Cruyff Institute ES, por lo que en unos meses tendrá su cartón e intentará, de nuevo, ligarse a le 'pelotita'.
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