Jugó con Juan Vargas en Argentina y la Selección Peruana, pero se retiró en la Copa Perú

En la temporada 2005, el club Atlético Colón de Santa Fe hizo una gira en el Perú y encontró a dos futbolistas de nuestro balón pie nacional que les llamaron la atención, siendo uno de ellos Juan Manuel Vargas, a quién lograron fichar en ese año. Sin embargo, el 'Loco' no se iría solo, ya que su amigo en Universitario de Deportes, Juan Cominges, también se iría con él para jugar en la institución argentina.

La etapa de Vargas en Colón fue fugaz, puesto que su enorme talento lo hizo salir a Europa luego de dos años en el fútbol argentino, sin embargo, Cominges no corrió con la misma suerte.

La 'Jirafa', como le decían, estuvo por todo el 2005 en Colón jugando con Loco, pero para el curso 2006 se pasó a las filas de Estudiantes de la Plata, y para el año 2007 al no tener más ofertas en Argentina, pegó la vuelta al torneo peruano.

El mediocampista también tuvo la oportunidad de ponerse la camiseta de Perú al formar parte de las clasificatorias a los mundiales de Alemania 2006, Sudáfrica 2010 y Brasil 2014.

En partidos oficiales, jugó solo en nueve ocasiones, siendo el encuentro ante Bolivia en la Paz el 12 de octubre de 2012, la última vez que se puso la Blanquirroja encima. Sergio Markarián era el entrenador en aquel entonces.

Tras jugar por 15 temporadas al deporte rey y pasar por países como Argentina, Venezuela, Colombia, Arabia Saudita y Brasil, el Juanchi le puso fin a su carrera en 2017 con el Sport Vitoria, que por ese entonces se encontraba jugando la Copa Perú.

El exfutbolista es desde mediados de 2019 el coach emocional de la Selección Peruana, cargó que asumió poco antes de la Copa América donde Perú salió subcampeón.