Fue bicampeón con Universitario, Markarián lo convocó y su último club fue Pirata FC

Los títulos nacionales de 2009 y 2013 han sido los dos últimos campeonatos que levantó Universitario en el fútbol peruano, y en esa plantilla de jugadores coincidió el nombre del defensa central Néstor Duarte, muy recordado por pertenecer al equipo de los "Jotitas".

Duarte jugó durante nueve cursos con la camiseta crema durante 2007 y 2015, siendo un jugador importante en la campaña 2013, temporada en la que completó 41 partidos con el cuadro merengue.

El joven defensa atravesaba un buen momento en los primeros años de la segunda década de los 2000, por lo que Sergio Markarián decidió convocarlo para la Selección Peruana durante la Eliminatoria a Brasil 2014, ya que Alberto Rodríguez se lesionó para una fecha doble donde tocaba jugar contra Argentina y Bolivia.

Con Perú, el defensor disputó seis partidos (4 amistosos y 2 oficiales), siendo el enfrentamiento ante Bolivia en La Paz el 16 de octubre de 2013, su última participación con la Blanquirroja.

La última vez que se supo de él en la Liga 1, fue cuando formó parte de la Academia Cantolao en 2018 y 2019, posteriormente aterrizaría en la segunda división para el 2020 al firmar contrato por el Pirata FC, equipo donde se mantendría hasta el 2021. Ahora en la actualidad, al no ser renovado por un año más con los Piratas del Norte, el futbolista de 31 años se encuentra como jugador libre.

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